珠山区境内以中低山和丘陵为主。东北高,西南低,地势较为平缓。东北西部多山,群峰林立,冈陵重叠;东南部了则多丘陵、平原,连绵起伏。昌江河穿城而过,南河环绕于东南,西河贯穿西岸,形成三水环城之势。

根据江西省地质矿产局对江西省构造单元划的最新意见,地质构造属杨子准地台江南台隆九岭——高台山(八字脑)台拱的东段,为四级构造区的高台山穹断束区。地貌类型以中低山和低山丘陵为主,总的趋势为北东高、南西低,地形起伏变化较大,最高峰为马鞍山,海拔(黄海高程)为93.3米,最低点西瓜洲海拔20米,境内最大相对高差73.3米。昌江流域河水侵蚀堆积平原,构成山间盆地,地势平坦、开阔。中渡口至昌江大桥一段河床地势平缓,底部U字形,铺满了碎匣片和碎瓷渣片。

域属亚热带季风性气候,热量丰富,雨量充沛,光照充足,无霜期长。境内暮冬早春,受西伯利亚冷高压影响,多偏北风,天气寒冷;春夏之交南北冷暖气交馁,梅雨绵绵;盛夏多为副热带所控制,多偏南风,天气炎热;夏秋之际则受单一热带海洋气团控制,天气晴热。形成冬冷春寒,夏热秋旱,春秋短而冬夏长的气候特征。2010年,区境内平均气温18℃,极端最高气温38.8℃,极端最低气温-4℃,全年日照时数1724.1小时,全年降水量2571.5mm,无霜期271天。

昌江是流经珠山区流域最长的河流,也是景德镇市珠山区、昌江区两区自然的、最长的分界线。它发源于安徽省祁门县境域,过倒湖流入江西省浮梁县境内,始名昌江,由北蜿蜒向南,贯穿浮梁境域。在浮梁县南端流入昌江区竟成镇青塘村,而后进入珠山区境域于西岸三闾庙南侧纳西河水。一路由北向南在东岸西瓜洲纳南河水,向西南流入昌江区境域至吕蒙、鲇鱼山下流至凰岗进入鄱阳县境。在珠山区境域全长为9.8公里。由此向南依次流经石狮埠、珠山、昌江、太白园4个街道境域的西面边界。